Im Gendiagnostiklabor des FBREK-Zentrums wird die molekulargenetische Untersuchung folgender Gene angeboten:

Kerngene*:
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, PALB2, RAD51C, RAD51D, TP53

erweiterte Kerngene und Lynch-Syndrom assoziierte Gene:
PTEN, STK11, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2

Basisdiagnostik

1. Multigenanalyse (Volltestung mit TruRisk®-Panel)
   - Indikation: Vorliegen der Einschlusskriterien für eine Testung bei V. a. Familiären Brust- und Eierstockkrebs
   - Material: 5-10 ml EDTA-Blut
   - Methoden: DNA-Extraktion, Sequenzierung (TruRisk®-Panel-v2), Analyse von Copy Number Variations
   - Dauer: 4-6 Wochen
2. Prädiktive Testung (gezielteTestung)
   - Indikation: Vorliegen einer bekannten wahrscheinlich pathogenen (Klasse 4) oder pathogenen (Klasse 5) Variante in einem der Kerngene in der Familie
   - Material: 5 ml EDTA-Blut
   - Methoden: DNA-Extraktion, Sanger-Sequenzierung, MLPA
   - Dauer: 3-4 Wochen

* Auf Vorschlag des Deutschen Konsortiums Familiärer Brust- und Eierstockkrebs (http://www.konsortium-familiaerer-brustkrebs.de/), Stand 22.09.2022  

Qualitätssicherung

Klinisch relevante Genvarianten sowie Ergebnisse aus prädiktiven Untersuchungen werden routinemäßig mit einer zweiten, unabhängigen Blutprobe überprüft.

Akkreditierung

Das Gendiagnostiklabor ist  durch die Deutsche Akkreditierungsstelle GmbH (DAkkS) nach DIN EN ISO 15189:2024 akkreditiert. [Registrierungsnummer D-ML-13295-06-00] 

Recall-System

Das Expertengremium des Deutschen Konsortiums für Familiären Brust- und Eierstockkrebs (sog. VUS-Taskforce) führt regelmäßig eine Überprüfung der Bewertung von Sequenzvarianten durch. Änderungen in der Pathogenitätseinschätzung der Sequenzvarianten werden an die einzelnen Zentren weitergeleitet, sodass betroffene Familien informiert werden können (Recall).

Ansprechpartner: Dr. rer. nat. Christian Albig Tel (089) 4400 74775
Bereichsleitung Gendiagnostiklabor

Qualitätskriterien für die NGS-basierte Multigenanalyse

Für die Kerngene bieten wir folgende Qualitätskriterien

• Mittlere Sequenzierqualität (Q-Score) > 30 (dh. 99.9% Base Call Genauigkeit)
• Sequenziertiefe von mindestens 30 Sequenzen pro Base in den Zielregionen (Bereiche, die mit geringerer Tiefe abgedeckt sind, werden mittels Sanger-Sequenzierung überprüft)

Limitierungen

• Mittelgroße Deletionen oder Duplikationen können technisch bedingt nicht immer verlässlich erkannt werden
• Die Untersuchung von Genen mit bekannten Pseudogenen bzw. homologen Regionen ist aus technischen Gründen limitiert (z.B. CHEK2, PMS2)
• Mutationen in regulatorischen Bereichen oder epigenetische Veränderungen werden mit dem verwendeten Panel nicht erfasst

Variantenklassifizierung

Die Grundlage für die Klassifikation von Sequenzvarianten (SNVs) und Kopienzahlveränderungen (CNVs) bildet das standardisierte Bewertungsschema des Deutschen Konsortiums Familiärer Brust- und Eierstockkrebs. Dieses orientiert sich an den international etablierten Leitlinien des American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) sowie der Clinical Genome Resource (ClinGen).

Richards et al. 2015, Genet Med. 17:405-424
Riggs et al. 2020, Genet Med. 22:245-257
Wappenschmidt et al. 2020, Geburtsh Frauenheilk. 80:410–429

https://clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-interpretation/
https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi/ 

Weitere Informationen entnehmen sie bitte dem Primärprobenhandbuch [PDF].