Martin Fischer ist Facharzt für Innere Medizin und Endokrinologie. Er erwarb seinen Master of Medical Education (MME) an der Universität Bern (Schweiz). Seit August 2011 ist er ordentlicher Professor und Direktor des Instituts für Didaktik und Ausbildungsforschung in der Medizin (DAM) am LMU Klinikum München. Im November 2012 wurde er zum Studiendekan (Klinik) der Medizinischen Fakultät der LMU München gewählt. Außerdem ist er Vorsitzender des Ausschusses für Lehre und Studium der LMU München. Er ist Schriftleiter des Journal for Medical Education (JME), Gutachter für zahlreiche Zeitschriften und Institutionen und war von 2011 bis 2017 Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Ausbildung (GMA).

Er hat mehr als 350 Artikel veröffentlicht und seine Forschungsinteressen liegen in den Bereichen klinische Entscheidungsfindung, digitales Lehren und Lernen sowie Fakultätsentwicklung (siehe seine Publikationslisten unten).