Molekulargenetik
Leitung: Dr. hum. biol. Annika Dufour, Dr. Maja Rothenberg-Thurley
Leitung von ärztlicher Seite: Prof. Dr. med. Karsten Spiekermann
weitere Mitarbeiter:innen: Tanja Kröll, Evelin Nather, Yvonne Zimmermann
Bei Fragen sprechen Sie uns gerne an
Montag –Freitag: 8:00-16:00 Uhr Samstag: 8:30-13:00 Uhr
Molekulargenetische Analysen sind heute ein unverzichtbarer Bestandteil in der Diagnostik, Risikostratifizierung und Therapieentscheidung hämatologischer Neoplasien.
Im Krankheitsverlauf ermöglicht die molekulare Quantifizierung von minimaler/messbarer Resterkrankung (MRD) ein sensitives und spezifisches Monitoring und somit eine hochpräzise Therapiesteuerung.
Unser Methodenspektrum
- Qualitative und quantitative PCR
- Fragmentanalyse und Schmelzkurvenanalysen
- Klassische Sanger Sequenzierung
- NGS basierte Genepanel Analyse
Zielregion der Panel Sequenzierung (PDF)
Unser Leistungsspektrum
- Bestimmung des FLT3 (ITD und TKD) und NPM1 Mutationsstatus innerhalb von 72 Stunden (Schnelldiagnostik)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO, ELN, Zielregion)
- CEBPA Screening mittels Sanger Sequenzierung (WHO, ELN)
- Screening auf KMT2A-partielle Tandem Duplikationen (PTD) (MRC)
- Quantifizierung von Fusionsgenen und Expression des aberranten NPM1 Gens (Typ A, B, D)
- Bestimmung aller klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO, Zielregion)
- Screening auf KMT2A-partielle Tandem Duplikationen (PTD) (MRC)
- FLT3-ITD Bestimmung mit Ratio (WHO)
- Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR::ABL1 (CML)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (Zielregion)
- Bei chronisch myeloische Leukämie (CML): MRD Diagnostik nach EUTOS (Cross et al., Leukemia 2012, Cross et al., Leukemia 2015)
- Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR::ABL1 (CML)
- Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (Zielregion)
- Screening auf KMT2A-partielle Tandem Duplikationen (PTD) (IPSS-M)
- FLT3-ITD Bestimmung mit Ratio (IPSS-M)
- ABL1 Mutationsanalyse bei Verdacht auf TKI Resistenz
- MRD Diagnostik (BCR::ABL1, KMT2A::AFF1, KMT2A::MLLT3)
ABL1 Mutationsanalyse bei Verdacht auf TKI Resistenz
Weiterführende Information
Die NGS basierte Genepanel Analyse führen wir bei myeloischen Neoplasien durch.
Mit der Genepanel Analyse identifizieren wir zielgerichtet rekurrente molekulare Alterationen in bekannten Zielgenen. Die NGS basierte Technik erlaubt uns die parallele Analyse mehrere Zielgene. Dementsprechend analysieren und berichten wir Ihnen alle klinisch relevanten Marker gemäß den Vorgaben nach WHO, ELN oder MRC etc., aber auch Varianten darüber hinaus; wie z.B. Mutationen in dem Gen IDH1.
Ausgangsmaterial ist genomische DNA. Es folgt die Amplifizierung der Zielregionen (kodierender Bereich und konservierte Spleißregionen) mittels einer Amplikon-basierter Technik (Haloplex, Agilent Technologies) und anschließender Sequenzierung auf dem MiSeq Personal Sequencer (Illumina).
Durch eine in-house Analyse auf der Biomedical Genomics Workbench (Version 20, Qiagen), Referenzgenom NCBI GRCh37 (hg19), Datenbanken: COSMIC, ExAC, dbSNP, ClinVar, in-silico Algorithmen, Variantenbeschreibung erfolgt nach HGVS Nomenklatur (Dunnen et al. Hum. Mutat. 25: 37: 564-569, 2016).
Es werden 90% der Zielregion mit ≥250-facher Lesetiefe abgedeckt (Jennings et al. 2017, JMD: PMID: 28341590). Berichtet werden Varianten mit einer Allelfrequenz ≥5% und bekannte Hotspot Varianten ≥3%. Die Analyse auf CEBPA Varianten erfolgt zusätzlich mittels Sanger Sequenzierung.
Klasse 1: Varianten mit starker klinischer (therapeutisch, prognostisch und diagnostisch) Signifikanz.
Klasse 2: Varianten mit wahrscheinlich klinischer Signifikanz.
Klasse 3: Varianten mit unklarer klinischer Signifikanz.
Klasse 4: Benigne oder wahrscheinlich benigne Varianten werden NICHT im Befund aufgeführt
Molekulare Untersuchungen bei Lymphatische Neoplasien wie Chronisch lymphatische Leukämie (CLL), Lymphome, Haarzellleukämie, Morbus Waldenström erfolgen in Zusammenarbeit mit einem externen Labor.
Stand: 27. April 2023; inhaltlich verantwortlich: Prof. Dr. med. Karsten Spiekermann
